Em 1707, a primeira capela de São Luiz do Paraitinga foi construída de pau a pique, no alto do morro. Em 1767, ainda antes da fundação oficial da cidade, outra a substituiu, em taipa de pilão, sempre dedicada à Nossa Senhora do Rosário. Ali, em 1802, o primeiro santo brasileiro, Frei Antônio de Santana Galvão, pregou aos fiéis durante uma missão religiosa (CAMPOS, 2011).
Em 1915, em estado precário de conservação, foi demolida, dando lugar à atual igreja, em estilo neogótico por fora e, no interior, misturando o estilo gótico e o românico. A obra foi iniciativa do padre italiano Ignácio Gióia — hoje sepultado no interior da igreja —, o projeto foi do engenheiro Luís Teixeira Leite e o mestre de obras, Pedro Pereira Rio Branco. A igreja foi inaugurada no dia 29 de maio de 1921 (CAMPOS, 2011).
Durante a enchente de 2010, ela serviu de abrigo e de ponto de referência para distribuição de mantimentos e roupas aos desabrigados. Ali, em 07 de janeiro de 2010, foi celebrada a primeira missa na cidade, após a grande enchente. Hoje, foi reformada e é uma joia luizense.
A Igreja do Rosário! Lugar de devoção, mas também de muitas histórias e lembranças que ultrapassam os limites da fé; acaba sendo um lugar de vivências marcantes para grande parte dos luizenses. Claro, como luizense e vizinho da Igreja desde sempre, tive minha infância e minha vida marcadas pelo Rosário, um lugar onde brincávamos muito, mais do que rezávamos. Pião, pega-pega, esconde-esconde, fogueiras de São João e pipas entrelaçavam-se com as formas e as sombras da igreja. Lembro-me das duras do padre Tarcísio e da dona Marta quando o barulho da criançada agitava toda a vizinhança até altas horas da noite.
Lugar de muitos mistérios. Lembro-me, também, das noites em que ficava com medo de chegar em casa, vindo da praça, pois era assustador e intrigante para uma criança olhar para o cemitério, um lugar cheio de mistérios e assombrações. Hoje esse medo passou!
Vivenciei muitas missas, casamentos, batizados e enterros. Vi pessoas saindo felizes e sorrindo, vi pessoas saindo tristes e chorando, fatos que muito marcaram minha memória enquanto luizense (Dr. CARLOS MURILO PRADO SANTOS, geógrafo).